經國家經貿部批準,做為第一批成立的八家煙草進出口公司之一的中國煙草進出口公司福建分公司于1985年1月1日在福州成立，1991年易名為中國煙草福建進出口公司并遷址廈門，2001年改制更名為中國煙草福建進出口有限責任公司，股東方為中國煙草進出口（集團）公司、福建省煙草公司、福建中煙工業公司、龍巖卷煙廠、廈門卷煙廠。2006年12月經國家煙草專賣局批準改制為一人有限責任公司，成為中國煙草總公司福建省公司的全資子公司。
進出口公司成立二十多年來，堅持貫徹落實《煙草專賣法》，堅持“一要規范，二要改革，三要創新”的工作重點，充分發揮對外“窗口”作用，積極服務福建煙草經濟，擴大福建兩煙出口，促進與國際煙草界的經濟技術交流與合作，為煙草外貿事業做出了應有的貢獻。自2008年6月開展企業文化創建以來，在傳統“勤”文化深厚底蘊的熏陶下，在福建煙草商業“責任煙草”企業文化引領下，牢固樹立“國家利益至上，消費者利益至上”的行業共同價值觀，堅持“在挖掘中提煉，在傳承中提升”，深刻領會“創新、規范、奉獻、廉潔、和諧”的企業經營思想，逐漸形成“勤謹立志、勤勉修身、勤懇為人、勤慎處事、勤業建功”的企業風格，“勤業盡職，以勤示責”的企業文化已經成為公司持續發展的強大動力。公司堅持“勤謹高效、科學民主”的企業決策理念；“管理為先、效益為重”的企業運行理念；“堅定黨性、凝心聚力”的黨建管理理念；“人文關懷、感化員工”的思想政治工作理念；“理解尊重、關心愛護”的工青婦工作理念；“準確規范、當好管家”的財務管理理念；“公正嚴明、懲防并舉”的監察監督理念；“人盡其才、激發活力”的人事管理理念；“滿足需求、共創雙贏”的營銷管理理念；“精簡有序、協調一致”的組織管理理念；“互信互助、至真至誠”的溝通形象理念。